フリーの全文検索エンジン

Namazu http://www.namazu.org/
まずはNamazuですね。内部文字コードはEUC。実装はCとPerl。
Estraier http://estraier.sourceforge.net/
Namazuを参考にして作られた検索エンジン。内部文字コードはUTF-8。実装言語はC。関連文書検索ができます。

どちらも外部フィルタなどを使用すれば、MS WordやPDF形式の文書の検索もできるそうです。びっくり。